秒間数ファイルずつしか消さずに残り20分とか言うので一旦中止し(中止するだけにもなぜか20秒くらいかかる)、msys2でrm -r packagesてやったら30秒で全部消えた
エクスプローラーもごみ箱入れてるとかじゃなくて直接削除だったのになんであんなに遅いんだろう